Index

_

__enter__() (pysam.AlignmentFile method) __exit__() (pysam.AlignmentFile method) __hash__ (pysam.AlignedSegment attribute)

__iter__ (pysam.AlignmentFile attribute) __next__() (pysam.AlignmentFile method) __str__ (pysam.AlignedSegment attribute)

A

AlignedSegment (class in pysam)

AlignmentFile (class in pysam)

B

bin (pysam.AlignedSegment attribute)

C

cigarstring (pysam.AlignedSegment attribute) cigartuples (pysam.AlignedSegment attribute) close() (pysam.AlignmentFile method)

compare() (pysam.AlignedSegment method) count() (pysam.AlignmentFile method)

F

fetch() (pysam.AlignmentFile method) filename (pysam.AlignmentFile attribute)

flag (pysam.AlignedSegment attribute)

G

get_aligned_pairs() (pysam.AlignedSegment method) get_blocks() (pysam.AlignedSegment method) get_overlap() (pysam.AlignedSegment method)

get_reference_positions() (pysam.AlignedSegment method) getrname() (pysam.AlignmentFile method) gettid() (pysam.AlignmentFile method)

H

head() (pysam.AlignmentFile method)

header (pysam.AlignmentFile attribute)

I

infer_query_length() (pysam.AlignedSegment method) is_duplicate (pysam.AlignedSegment attribute) is_paired (pysam.AlignedSegment attribute) is_proper_pair (pysam.AlignedSegment attribute) is_qcfail (pysam.AlignedSegment attribute)

is_read1 (pysam.AlignedSegment attribute) is_read2 (pysam.AlignedSegment attribute) is_reverse (pysam.AlignedSegment attribute) is_secondary (pysam.AlignedSegment attribute) is_unmapped (pysam.AlignedSegment attribute)

L

lengths (pysam.AlignmentFile attribute)

M

mapped (pysam.AlignmentFile attribute) mapping_quality (pysam.AlignedSegment attribute) mate() (pysam.AlignmentFile method)

mate_is_reverse (pysam.AlignedSegment attribute) mate_is_unmapped (pysam.AlignedSegment attribute)

N

next (pysam.AlignmentFile attribute) next_reference_id (pysam.AlignedSegment attribute) next_reference_start (pysam.AlignedSegment attribute)

nocoordinate (pysam.AlignmentFile attribute) nreferences (pysam.AlignmentFile attribute)

O

opt() (pysam.AlignedSegment method)

overlap() (pysam.AlignedSegment method)

P

pileup() (pysam.AlignmentFile method)

Q

query_aligment_length (pysam.AlignedSegment attribute) query_alignment_end (pysam.AlignedSegment attribute) query_alignment_length (pysam.AlignedSegment attribute) query_alignment_qualities (pysam.AlignedSegment attribute) query_alignment_sequence (pysam.AlignedSegment attribute)

query_alignment_start (pysam.AlignedSegment attribute) query_length (pysam.AlignedSegment attribute) query_name (pysam.AlignedSegment attribute) query_qualities (pysam.AlignedSegment attribute) query_sequence (pysam.AlignedSegment attribute)

R

reference_end (pysam.AlignedSegment attribute) reference_id (pysam.AlignedSegment attribute) reference_length (pysam.AlignedSegment attribute)

reference_start (pysam.AlignedSegment attribute) references (pysam.AlignmentFile attribute) reset() (pysam.AlignmentFile method)

S

seek() (pysam.AlignmentFile method)

setTag() (pysam.AlignedSegment method)

T

tags (pysam.AlignedSegment attribute) tell() (pysam.AlignmentFile method)

template_length (pysam.AlignedSegment attribute) text (pysam.AlignmentFile attribute)

U

unmapped (pysam.AlignmentFile attribute)

W

write() (pysam.AlignmentFile method)